内容编辑SNP检测
分类: 分子标记
发布时间: 2015-04-28 22:17
单核苷酸多态性（SNP）指基因组上单个核苷酸的变异，基因组平均每1000个就有一个SNP。 它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变，使得群体之间和个体之间产生了差异。这些差异对于疾病相关基因定位、个体遗传差异、基因组结构研究及疾病/耐药性与个体差异的研究非常重要。常用的SNP分型方法有sanger测序法、SNaPshot、探针法、HRM检测。
Sanger测序法
Sanger测序法是检测SNP的金标准，将目标位点PCR扩增后进行测序，根据测序峰图可直观判断SNP的型别，纯合型SNP的测序峰为单一峰型，而杂合型的为双峰。该方法除了检测已知SNP位点，还能发现未知SNP位点。
Snashot法
在已知的SNP位点前设计一引物，进行单碱基（带荧光标记）延伸扩增，通过ABI3730仪器检测所延伸的碱基颜色确定SNP位点的型别； 再用 软件分析，导出统计结果。
Taqman探针法
该方法的技术基础是荧光定量PCR，针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和进行PCR扩增。这种方法可以直接在实验结果中读取出 每个样本中SNP的基因型（纯合子XX或YY,杂合子XY），不需要再对序列进行分析，具有直观性。还可以通过软件分析出不同基因型在所有样 本中的分布图。TaqMan探针法通常用于少量SNP位点分析，具有成本低、速度快的特点。
HRM法
HRM 是利用了特定的染料可以插入DNA 双链中的特性，通过实时监测升温过程中双链DNA 荧光染料与PCR 扩增产物的结合情况记录高分辨率熔解曲线，从而对样本进行检测。如在SNP 的检测中，SNP 位点由于不匹配双链DNA 在升温过程中会先解开，荧光染料从局部解链的DNA 分子上释放，从荧光强度与时间曲线上就可以判断是否存在SNP，而且不同SNP 位点、杂合子与否等都会影响熔解曲线的峰形，因此HRM 分析能够有效区分不同SNP 位点与不同基因型。
样本类型
植物：叶、茎、皮、花、果实、种子、块根、干样本、中药材等；
动物：组织、细胞、血液、干血斑、拭子、骨骼、唾液、石蜡切片、毛囊、粪便、尿液、分泌物、法医检材等；
微生物：真菌、细菌，土壤、粪便等；
藻类：硅藻、蓝藻、绿藻、褐藻等。
植物：叶、茎、皮、花、果实、种子、块根、干样本、中药材等；
动物：组织、细胞、血液、干血斑、拭子、骨骼、唾液、石蜡切片、毛囊、粪便、尿液、分泌物、法医检材等；
微生物：真菌、细菌，土壤、粪便等；
藻类：硅藻、蓝藻、绿藻、褐藻等。
送样要求
1. 样本本身DNA无明显降解。可提供新鲜材料，冻存材料或样本保护液保存的材料。建议使用样本保护液采集和保存样本，可常温下运输样本，方便操作，DNA质量更好;
2. 完整准确填写样本信息表，干冰运输（使用样本保护液的样本无需干冰运输）;
3. 样本无传染性、无致病性;
4. SNP位点信息：人的基因组需SNP位点的RS号；其它物种样 品需SNP位点上下游200bp序列，SNP位点突变类型及位点上下游200bp范围是否有其他SNP位点。
1. 样本本身DNA无明显降解。可提供新鲜材料，冻存材料或样本保护液保存的材料。建议使用样本保护液采集和保存样本，可常温下运输样本，方便操作，DNA质量更好;
2. 完整准确填写样本信息表，干冰运输（使用样本保护液的样本无需干冰运输）;
3. 样本无传染性、无致病性;
4. SNP位点信息：人的基因组需SNP位点的RS号；其它物种样 品需SNP位点上下游200bp序列，SNP位点突变类型及位点上下游200bp范围是否有其他SNP位点。