内参基因表达稳定性检测
分类: qPCR  发布时间: 2015-04-28 22:17 

内参基因表达稳定性检测
评估和筛选稳定表达的内参基因。在qPCR实验中采用稳定表达的内参基因,可增加实验结果的可靠性和稳定性。看家基因是维持细胞生命活动所必需的一类基因,在所有组织细胞中均有表达,长久以来一直被用作内参基因。理想的内参基因应在所研究的各种实验因素条件下或不同组织中均稳定表达。然而,越来越多的证据显示,不同的看家基因在不同组织或细胞中表达并不恒定,而且在不同实验处理中最适内参基因也有不同,因此选择合适的内参基因很重要。

实验方案

利用qPCR技术对候选内参基因在不同组织或都在不同试验处理情况下进行表达检测,并结合GeNorm,Norm Finder,Best Keeper和ReFinder软件分析候选内参基因的表达稳定性。


样本类型

植物:叶、茎、皮、花、果实、种子、块根等;

动物:组织、细胞、血液、拭子等;

微生物:真菌、细菌等;

藻类:硅藻、蓝藻、绿藻、褐藻等。


送样要求

1. 样本本身RNA无明显降解。可提供新鲜材料,冻存材料或样本保护液保存的材料。建议使用样本保护液采集和保存样本,可常温运输和保存样本,方便操作,RNA质量更好。
2. 完整准确填写样本信息表,干冰运输(使用样本保护液的样本无需干冰运输)。

3. 样本无传染性、无致病性。

4. 提供目标候选内参基因的引物或序列或NCBI登记号,以及候选内参基因的背景信息,如基因家族、表达丰度等。


参考文献

Schmittgen TD, Livak KJ. Analyzing real-time PCR data by the comparative CT method. Nature Protocols. 2008;3:1101-1108


常见问题

如何检测单独一个内参基因表达的稳定性,或者说如何确定单独这个内参适不适合做内参

我也遇到审稿人类似的问题……………………求支招

您好,我是做贝类的,开始因为各种原因没能多做几个内参基因(只做了一个内参18s),结果审稿人说要我们证明18s确实适合做内参,我们提供了文献参考(并非同一种贝),审稿人说不足以证明,希望我们可以通过genorm和bestkeeper来证明,可是这两个软件只适合2个以及2个以上的内参基因的筛选,如何是好,还请高人指教

您好,请问您最后是怎么解决的?我也遇到同样的问题,审稿人让证明1个内参基因可靠

我刚遇到同样问题,请教是怎么回答的?

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